Afin d'assurer au mieux sa mission de surveillance de la qualité de l'air en Franche-Comté, ATMO FC dispose, outre son parc de stations fixes du réseau, d'un dispositif mobile de mesure. Constitué de trois remorques et d'un camion laboratoires, ce dispositif flexible permet au réseau francs-comtois de compléter la connaissance des phénomènes de pollution sur l'ensemble de la région. Ainsi, chaque année, ATMO FC assure entre 8 à 10 campagnes de mesures temporaires sur l'ensemble du territoire franc-comtois. Les laboratoires mobiles sont équipés d'analyseurs automatisés permettant de mesurer le dioxyde de soufre, les oxydes d'azote, l'ozone ainsi que les poussières dans l’atmosphère. Certains des moyens mobiles d'ATMO FC sont également équipés d'un mât météorologique ainsi que d'une sonde de température et d'humidité, permettant ainsi d'enregistrer les paramètres météorologique, en parallèle des teneurs en polluants.

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